Původní teriér ze Skotska vznikl ze staroanglického teriéra náhlou změnou dědičné hmoty neboli mutací za spolupůsobení chovatelského snažení člověka. Záměrem bylo získat krátkonohé teriéry, neboť při práci v norách lišek a jezevců byli tito psi ve výhodě vůči těm, kteří měli končetiny normální délky. Ani při práci na povrchu, např. při sledování stopy zvěře, krátké končetiny nevadily, naopak - psi se nemohli tak rychle pohybovat a lidé jim lépe stačili. Výskyt jedinců se zkrácenými končetinami nemohl zůstat chovatelsky nepovšimnut, protože dovoloval odchovávat jedince dokonale přizpůsobené podmínkám, v nichž měli pracovat. Spojováním dvou jedinců se zkrácenými dlouhými kostmi končetin se získávalo potomstvo, u něhož byl znak výrazněji vyjádřen - končetiny byly kratší než u rodičů, prarodičů, atd.

 Staří skotští teriéři byli chováni jako psi pracovní, na jejichž vzhledu příliš nezáleželo. Jejich hlavním uplatněním byl lov, zejména lišek, jezevců a dalších drobných šelem. Ale tito psi hubili také různé nepříjemné hlodavce v usedlostech a jejich okolí a hlídali. Vyskytovali se patrně všude ve Skotsku, nechyběli ani na přilehlých ostrovech.

 Od 16. do začátku 20. století se na různých místech Skotska, jakož i na ostrovech kolem, vytvořily u různých chovatelů lokální, poněkud odlišné variety. Vznikali procesem reproduktivní izolace. Příčinou této izolace byly jednak přírodní poměry, dané rázem krajiny, jednak okolnosti společenské, spočívající v rozdělení zdejší společnosti na klany.

 Klany byly pozůstatkem někdejšího rodového uspořádání skotské společnosti. Na severu země se udržely až do 18. století. A právě existence klanů významně přispívala k izolovanosti větších či menších části původní jednotné populace starých teriérů. Jednotlivé klany se snažily o odlišení, např. krojem, ale také tím, že každý měl takové teriéry, jaké neměl nikdo jiný. Takřka na každém panství ve Skotsku byl chován čistokrevně zvláštní kmen teriérů s nízkými končetinami. Od dalších kmenů se lišil buď kvalitou srsti nebo zbarvením. Předkové moderního skotského teriéra byli chováni příslušníky rodu Moorů z Rannochu v oblasti Blackmountu.

 Podle některých kynologických autorit minulosti byly před rokem 1874 dobře odlišeny pouze dvě formy nízkých teriérů - skye teriér a dandie dinmont teriér. Jiní tvrdí, že již před rokem 1770 se ve Skotsku vyskytovali skotští teriéři moderního typu. Nutno přiznat, že o plemenné příslušnosti jednotlivých zvířat nebylo mnoho jasno ještě ani o dost později, v počátcích organizovaného chovu. V prvních letech 20. století vlastnil Sir Payton Piggot teriéra jménem Granite. Tento pes patřil podle uznávaných odborníků doby mezi cairn teriéry. Ale jeho majitel soudil, že jde o "prvního" skotského teriéra v dnešním slova smyslu a je pravda, že Granite byl mezi předky známého a nepochybného skotského teriéra, šampióna Heworth Rascal. Celkovou kurióznost situace dokresluje a vzájemnou spřízněnost teriérů ze Skotska dokládá tvrzení P. Piggota, že předky jeho psa byli "Highland Terriers z Dunvegan na ostrově Skye, tam zvaní Skye Terriers".

 Jedním z prvních chovatelů a vystavovatelů skotských teriérů současného typu byl J. A. Adamson z Aberdeenu. Město Aberdeen se svým okolím patřilo svého času k nejdůležitějším centrům chovu skotského teriéra. Na výstavě psů, která se konala v Londýně roku 1879, bylo hlášeno 13 skotských teriérů a šlo prý skutečně již o jedince dnešního typu. Posuzoval je známí odborník J. B. Morrison. Vítězem se stal pes Tartan, mezi fenami byla nejúspěšnější Splinter II. Ze spojení těchto dvou jedinců vzešla fena Worry, matka a babička několika šampiónů. Během následujících roků se plemeno ustálilo úzkou příbuzenskou plemenitbou a nabyla zhruba současného vzhledu. Začátkem druhé poloviny 90. let 19. století existovali již dvě samčí linie, založené na dvou polobratrech. Jeden byl černý (Alister), druhý žíhaný (Dundee). Jako samostatné plemeno byl skotský teriér uznán Anglickým Kennel Clubem roku 1882. Téhož roku byl založen i specializovaný chovatelský klub. Ale už v roce 1880 sestavil J. B. Morrison za spolupráce D. J. Thomsona - Greye první standard plemene. Byl to jeden z nejlépe zpracovaných standardů vůbec, a proto platí bez větších změn dodnes.